不论是哪一种疾病，只要找到了原因，对症治疗，就能够见效，而不孕症的治疗也是这样的，但是有部分不孕症患者，输卵管两侧通畅，不长子宫肌瘤，也没有子宫内膜异位症，男方也一切正常，可是还得多年不孕，而这个就算不明原因的不孕症。
三十五岁以下的不明原因之不孕患者，不管过去有无成功受孕的经验，可以先接受半年的排卵药助孕疗法，在家同房，以提高怀孕的机会。如果半年内没有成功，则建议进入人工授精的疗程。运用排卵药和排卵针使卵巢两侧排卵，在排卵期前后的两小时内，将先生有受孕力的精虫浓缩在零点六西西培养液中，直接注入太太的子宫内，不但解决子宫颈黏液不利精虫穿透的问题，随后的黄体素安胎疗法，又可以排除黄体素不足的不孕因素，可将成功受孕率提升至十五%左右。倘若这三次人工授精不成功的话，则必须进入试管婴儿的疗程，来排除精卵互斥的可能性。
而三十五岁以上的不孕证妇女，过去曾有成功受孕经验者，疗程上应考虑到年龄老化的因素，排卵药的助孕及人工授精治疗，最好安排紧凑些;如果连续失败三次，应赶快趁年轻接受成功率较高的试管婴儿治疗，以免子宫着床的环境随年龄增长而急速恶化，加上卵子质量的老化，届时即使连续做三次试管婴儿都难以成功受孕。
至于过去没有受孕经验的三十五岁以上妇女，要强烈怀疑「精卵互斥」的现象，这类患者即使做到人工授精治疗，精卵很可能仅止于「盖棉被、纯聊天」的状态，根本没有结合受精。这时最好先做一次试管婴儿治疗，将太太的卵子和先生的精虫取出体外，放在显微镜下观察精卵互动情形。如果发现精卵可自行结合受精，并没有互斥现象，日后可考虑退回到自然一点的人工授精治疗，即有机会怀孕。
