子宫内膜异位症的治疗方式主要有期待治疗、药物治疗和手术治疗。
1.期待治疗
症状较轻者定期复诊即可。
症状较轻者定期复诊即可。痛经可以使用止痛药，但是希望生育者应积极受孕。内异症虽然容易导致不孕，但是一旦受孕，内膜就会萎缩、症状缓解甚至治愈。
2.药物治疗
（1）口服避孕药。连续用药可造成类似于妊娠的状态，称为假孕疗法，可以使内膜萎缩。
（2）孕激素：单用孕激素，也是假孕疗法。上述用药至少6个月，副作用主要有恶心、呕吐、抑郁、体重增加，阴道不规则出血等。停药后月经可恢复。
（3）促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a）。这类药物会导致卵巢功能抑制，出现闭经，称为假绝经疗法。常用药物有诺雷得、达菲林等。每月皮下注射一次，一般注射3~6次。停药后可恢复月经和排卵。副作用主要是各种更年期症状，如潮热、盗汗、骨质丢失等。为了减少副作用，可以在使用该药同时适当补充雌激素。
3.手术治疗药物治疗效果差或较大的巧克力囊肿或生育功能未恢复者可以手术治疗。
首选微创的腹腔镜，尽量切除可见的异位内膜病灶或脏器切除。
手术容易复发，术后可以使用药物减少复发。
需要怀孕者应保留卵巢和子宫。
无生育需求者，年轻患者可保留卵巢，年纪大者可以行根治术，切除卵巢、子宫和盆腔异位病灶。
