这是大家最关心的问题，尽管有些争议，但是大多数研究结果告诉我们冻胚移植出生的宝宝是安全的。有研究发现冻胚移植和自然受孕出生的新生儿相比，两组宝宝的听说能力无差异, 在神经系统的发育上面也没有差异。
在孕期安全方面存在争议，有学者研究认为冻胚移植出生的新生儿早产率偏高、新生儿的出生体重低。但是也有些报道结果显示冻胚移植的新生儿的出生体重高、胎龄长，而且发现冷冻胚胎的新生儿先天畸形发生率明显低于新鲜周期组。
在我国，2009年有一项研究数据表明利用玻璃化冷冻技术获得的新生儿孕周较长，出生体重及身高都大于新鲜周期直接移植的胚胎，而且并不增加新生儿的出生缺陷和死亡率、早产率和多胎率。
